پیکر مرحوم حجت الاسلام سید محمد جواد شیرازی پس از اقامه نماز و تشییعی با شکوه در شهرهای مقدس نجف اشرف و کربلای معلی، در خاک سرزمین کربلا آرمید.
پیکر ایشان پس از اقامه نماز توسط حضرت آیت الله العظمی سید محمد سعید حکیم، توسط شماری از علماء، طلاب علوم دینی، هیئات مذهبی در نجف اشرف راهی حرم مطهر امیرمؤمنان حضرت علی علیه السلام، و پس از وداع با آن امام همام رهسپار کربلای معلی گردید.
در شهر مقدس کربلا نیز مراسم تشییع جنازه آن مرحوم از مرقد علامه ابن فهد حلی آغاز شد و تا حرمین مطهر حضرت اباالفضل العباس و امام حسین سلام الله علیهما ادامه داشت و پس از اقامه نماز به امامت آیت الله سید مرتضی قزوینی در حسینیه سیدالشهدا علیه السلام در خیابان قبله امام حسین علیه السلام در شهر مقدس کربلا به خاک سپرده شد.
